滋賀の個人住宅では定期的な柱の入れ替えは無理だと思います

建築確認申請は、安心できる住宅建物の基準ではなく、建築を認めてもらえる最低限の基準（=当たり前の基準） とお考えください。

「大丈夫」と感じる基準も人それぞれですから何とも言えませんが、ご相談者様がどのような住宅を滋賀で求めておられて、どのくらいの期間、滋賀の住宅に入居されるのかによって、何を確認するべきかも変わってしまいます。

日本の住宅の１／３はシロアリの被害を受けていると言われていますので、シロアリについてご心配であれば、加圧注入という方法で処理された構造材や合板を使うほうがよいと思います。ヒノキやヒバは、シロアリに強いですが、被害を受けないわけではなく、実家（寺）では柱を定期的に入れ替えています。滋賀の個人住宅ではそのようなことは無理だと思いますから、材種ではなく加工にある程度頼るほうがよいでしょう。